O Mestrado e o Doutorado do PPDMU destinam-se, respectivamente, aos portadores de diploma de Curso Superior e aos portadores de diplomas de Mestrado, em quaisquer áreas do conhecimento, interessados em produzir conhecimento sobre o ensino, a pesquisa e a gestão das questões ambientais urbanas e suas relações com o desenvolvimento e planejamento das cidades.
O público alvo ingressante no PPDMU é diversificado e constituído de profissionais com graduação em diversos campos do conhecimento envolvidos na prática, no ensino, na pesquisa e na gestão das questões urbanas e ambientais. Historicamente o curso de mestrado tem titulado mestres com as seguintes formações superiores: Arquitetura e Urbanismo Biologia, Bioquímica de Alimentos, Ciências Ambientais, Ciências Biológicas, Ciências Contábeis, Ciências Econômicas, Ciências Naturais, Ciências Sociais, Direito, Enfermagem, Engenharia Ambiental, Engenharia de Computação, Engenharia Sanitária e Ambiental, Estatística, Farmácia, Fisioterapia, Fonoaudiologia, Geografia, Geografia, História, Letras, Nutrição, Pedagogia, Química Industrial, Serviço Social, Tecnólogo em Processamento de Dados e Terapia Ocupacional.
Todavia, o perfil do profissional após formação no PPDMU ultrapassa a formação específica superior de origem, pois o Programa lhe confere uma sólida base de conhecimento interdisciplinar e uma postura intelectual firme e transversal para estabelecer intercâmbios entre as várias áreas do conhecimento, a fim de desenvolver estudos, pesquisas e práticas de planejamento e gestão urbana com grande variedade de olhares sobre o mesmo elemento de estudo, associado a uma multiplicidade de métodos e instrumentos, que conduz à formação de um profissional que poderá atuar plenamente em institutos de pesquisas, em instituições de ensino, no setor produtivo, em órgãos de governo ou mesmo como profissional liberal setorizado.
Os conhecimentos oferecidos no PPDMU são de duas naturezas: técnicos e humanísticos, estes últimos entendidos como o conjunto de fatores econômicos, sociais, políticos, culturais e éticos. Pretende-se que os profissionais com formação mais técnica, como os engenheiros por exemplo, possam desenvolver durante o curso habilidades de reflexão de caráter humanística sobre o seu campo de trabalho, já que as escolhas técnicas para a solução dos desafios urbanos implicam em diferentes consequências para a população. Por outro lado, os profissionais com formação humanística serão sensibilizados para refletir sobre as questões técnicas envolvidas na organização do espaço urbano.
Os egressos do PPDMU estão aptos a atuar em áreas específicas do conhecimento, mas com saberes que relacionam teoria, prática, humanidades, ciência e tecnologia, até chegar à transdisciplinaridade. Por um lado, os egressos do mestrado reúnem experiências em produções científicas, por meio das construções próprias de artigos científicos e participações em congressos, podendo partir para suas vidas acadêmicas atuando em cursos de graduação e especialização, com uma base de pesquisa mais consolidada. E por outro lado, os egressos do doutorado terão uma amplitude maior de conhecimento e ação em função de sua base acadêmica e formação, podendo atuar como gestores públicos ou privados em órgãos voltados aos temas do PPDMU, bem como contribuir em cursos de pós-graduação e realizar pesquisas em alto nível.
Levantamentos realizados pelo PPDMU revelaram que 70% dos seus egressos atuam em atividades de ensino em instituições de ensino públicas e/ou privadas, 20% dos investigados são profissionais, tanto liberais como servidores públicos, e 10% não reportaram atuação profissional. Portanto, a melhoria da qualificação de professores que já atuam em atividades docentes, principalmente nos níveis médio e fundamental da rede pública e em instituições privadas de ensino superior, vem constituindo a principal contribuição do programa para o desenvolvimento do mercado de trabalho na região. Também merece destaque o papel desempenhado pelo curso na formação daqueles que desejam atuar na carreira docente. O percentual de egressos que seguem na formação de doutoramento ainda é pequeno, somente cerca de 12% do total de egressos, uma vez que não havia localmente oferta de programa de doutorado em planejamento urbano e regional, o que leva à inserção em outras áreas do conhecimento.