A proposta do PPDMU está pautada nos intensos desafios enfrentados no desenvolvimento urbano na Região Amazônica nas últimas décadas e os seus efeitos sobre o meio ambiente. Assim, o programa possui os seguintes objetivos:
(a) Produzir e disseminar conhecimento científico sobre aspectos relacionados ao planejamento urbano e ambiental de cidades da Amazônia, para promoção do avanço das fronteiras do conhecimento científico, tecnológico e inovador;
(b) Formar profissionais para atuar no ensino, na pesquisa, no planejamento e na gestão dos aspectos físico-territoriais, sociais, econômicos, políticos e culturais referentes à questão do desenvolvimento meio ambiente urbano na Amazônia e suas interferências e impactos;
(c) Desenvolver práticas acadêmicas com abordagens interdisciplinares, que considerem de maneira integrada as dimensões técnicas, econômicas, sociais, culturais, doutrinárias e éticas;
(d) Desenvolver habilidades e competências para que profissionais de diversas áreas do saber possam realizar reflexões de caráter humanístico sobre aspectos técnicos e reflexões de caráter técnico sobre aspectos humanos pertinentes à organização do espaço urbano e ambiental.
(e) Integrar os conceitos e práticas acadêmicas com a realização de projetos de pesquisas voltados aos estudos de problemas do meio ambiente urbano e sua relação com o desenvolvimento capitalista periférico, com ênfase no espaço amazônico, nas suas múltiplas dimensões;
(f) Capacitar discentes na prática de docência do ensino superior integradas com aspectos da pesquisa científica aplicada aos estudos de casos e enfrentamento de desafios do desenvolvimento urbano com ênfase na região amazônica;